Las instalaciones del Centro están dotadas del equipamiento necesario para la realización de las múltiples funciones que demande el sector y con la versatilidad necesaria para poder acometer dichos trabajos. En la planta superior se encuentran los laboratorios analíticos de físico-química, tecnología de alimentos y materiales, y la sala de vigilancia tecnológica.
 CTAQUA está facultada como entidad colaboradora en materia de calidad ambiental, en el ámbito de calidad del Medio Hídrico con número de registro REC106, del registro de entidades colaboradoras en la Comunidad Autónoma de Andalucía cumpliendo con los requisitos especificados en el Decreto 334/2012, de 17 de julio, por el que se regulan las entidades colaboradoras en materia de Calidad Ambiental en la Comunidad Autónoma de Andalucía.
Según el Decreto 109/2015, de 17 de marzo, por el que se aprueba el Reglamento de Vertidos al Dominio Público Hidráulico y al Dominio Público Marítimo-Terrestre de Andalucía, CTAQUA, al ser una entidad colaboradora, puede prestar apoyo en el ejercicio de las actuaciones de inspección y control de vertidos, así como control del medio receptor previsto en el programa de vigilancia y control de las autorizaciones de vertido.
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